Farfan bắt đầu sự nghiệp cùng đội bóng Alianza Lima ở Peru, đội bóng đã ký hợp đồng với anh vào năm 2001. Mặc dù có một vài lần ra sân cho đội vào năm 2001, Farfan chỉ thực sự tiến bộ vào năm 2002, trở thành một cầu thủ quan trọng và giúp Alianza vô địch giải vô địch quốc gia Peru vào năm 2003.

Ở mùa giải cuối cùng với đội bóng vào năm 2004, Farfan ghi 14 bàn, giúp đội bóng giành ngôi vô địch quốc gia lần nữa. Sau mùa giải đó đội bóng Hà Lan PSV Eindhoven ký hợp đồng với anh sau khi anh được Guus Hiddink phát hiện, với mức giá 2 triệu euro.

Vào ngày 5 tháng 6 năm 2008, PSV đạt được thoả thuận với đội bóng Đức Schalke 04 về trường hợp chuyển nhượng Farfan với mức giá 10 triệu euro.[2] Vào ngày 10 tháng 6 năm 2008, Schalke chính thức xác nhận đã chiêu mộ được Farfan với hợp đồng 4 năm.[3] Đồng đội và người bạn của anh là Lewis Holtby đã tặng cho anh cái tên Jeff-.[4]